Esta planta despide un intenso y típico aroma, que se incrementa con el roce. El tomillo limón tiene un dejo citrico. En jardinería se usa como manchas, para hacer borduras, para aromatizar el ambiente, llenar huecos, cubrir rocas, para jardines en miniatura...
Es una de las hierbas más utilizadas como condimento, probablemente debido a sus propiedades digestivas. Necesita un magnífico drenaje, y crecerá mejor siempre que se encuentre en lugares soleados.
En climas fríos puede necesitar protección contra las heladas. Los riegos deben ser escasos, el exceso de humedad le es muy perjudicial, aunque de manera más abundante en la época del año en la que hace más calor. Aguanta bien la sequía.
No precisa de ningún abono especial. Con demasiado nitrógeno no resisten las heladas, ya que las plantas están sometidas a un crecimiento forzado y tierno. Se poda en otoño, aunque según se vayan marchitando las flores, éstas deben irse retirando.